Edycja RNA

W procesie transkrypcji na matrycy DNA powstaje cząsteczka RNA. U eukariotów taka cząsteczka nie jest jeszcze dojrzała – potrzebna jest jeszcze tzw. obróbka posttranskrypcyjna (np. dodawanie czapeczki, ogona poliA i wycinanie intronów). Ale we wszystkich królestwach organizmów żywych zdarza się, że RNA poddawane jest jeszcze jednemu rodzajowi obróbki. Proces ten – nazywany edycją RNA – polega na zmianie sekwencji transkryptu tak, że różni się ona od wyjściowej sekwencji DNA.

Zagadka znikających pszczół

Emigrancik poświęcił ostatnio dwa posty (ten i ten) zagadce znikających pszczół. W ciągu ostatniego roku zniknęło bowiem co najmniej 50% rojów w USA. Znikanie pszczół obserwowane jest też w Europie. W drugim poście Emigrancik odnotował też, że niektórzy spekulują, jakoby winnym zjawiska nazwanego CCD (Colony Collapse Disorder) miała być telefonia komórkowa.

Święto

Dziś jest dzień DNA, upamiętniający dwa wydarzenia. Jedno to ukończenie HUGO - Projektu Poznania Ludzkiego Genomu. Cztery lata temu – w kwietniu 2003 – ogłoszono, że genom ludzki jest już znany w całości. Stało się to w dwa lata po opublikowaniu wstępnej sekwencji.

Natomiast druga okazja do świętowania to 54 rocznica opublikowania pewnego artykułu. 25 kwietnia 1953 w Nature ukazała się publikacja autorstwa Jamesa Watsona i Francisa Cricka zatytułowana “Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid” (pdf).

Filmy o komórkach macierzystych

Część 1: Charakterystyka komórek macierzystych

Chromosom na niedzielę – chromosom 7

Chromosom 7 ma około 158 mln par zasad, które kodują 1150 genów i 941 pseudogenów. Co najmniej 360 loci wiąże się z chorobami – jak zwykle przykłady można znaleźć w Wikipedii. Chromosom ten w formie, jaka występuje u naczelnych, powstał w toku ewolucji łożyskowców z dwóch części, z których jedna kiedyś stanowiła całość z obecnym chromosomem 16. Taki układ zachował się wciąż w rzędzie drapieżnych (Muller i in. 2004).

Jak ewoluowała Wolbachia

Pasożyty potrafią na różne sposoby wpływać na gospodarza, czego znakomitym przykładem jest wspomniana wcześniej Toxoplasma gondii. Ale nie ona jedna. Wolbachia to endosymbiotyczna bakteria, która żyje w komórkach bezkręgowców. Przechodzi na następne pokolenia gospodarzy w cytoplazmie oocytów, a więc przekazywana jest tylko przez matki. Zatem w toku ewolucji nabyła zdolności “manipulowania” gospodarzem tak, żeby samice miały więcej córek, lub żeby zainfekowane samice radziły sobie lepiej i zostawiały więcej potomstwa.

Mechanizmy tej manipulacji są różne. Czasem bakteria po prostu zabija synów, np. u biedronek, a czasem zamienia samców w samice, czego szczególną odmianą jest indukcja partenogenezy – u tych owadów, u których samce rozwijają się z niezapłodnionych haploidalnych jaj, a samice z zapłodnionych diploidalnych, Wolbachia powoduje podwojenie liczby chromosomów w niezapłodnionych jajach, a z tak zdiploidyzowanego jaja rozwija się samica. Poza tym może powodować wymieranie embrionów powstałych w wyniku zapłodnienia niezainfekowanej samicy przez zainfekowanego samca (a nawet wtedy, kiedy samica jest zarażona innym szczepem Wolbachii). To ostatnie zjawisko zwie się niekompatybilność cytoplazmatyczna.

Ofensywa

“Nasz Dziennik” opisuje konferencję zorganizowaną na KUL pt. “Ewolucjonizm czy kreacjonizm?” i cytuje wypowiedź prof. Piotra Jaroszyńskiego, kierownika Katedry Filozofii Kultury KUL, głównego organizatora tej konferencji. Stwierdza on mianowicie, że umieszczanie ewolucji w programach szkolnych ma podtekst polityczny, oraz że spór między ewolucjonizmem a kreacjonizmem “Jest to ostatecznie spór o to, czy istnieje Bóg, od którego pochodzi cały świat łącznie z człowiekiem, czy też Boga nie ma. Spór ten ma nie tylko wymiar ściśle przyrodniczy czy szerzej – naukowy, w sensie filozoficznym i teologicznym, ale także ideologiczny. (…) tylko filozofowie mogą te sprawy uporządkować.” Czy ma to związek z pomysłami zmian w programach szkolnych?

Ponadto profesor twierdzi, że “promocja poglądów ewolucjonistycznych to element trwającej od czasów oświecenia ofensywy środowisk antychrześcijańskich, które są nie tylko przeciwko religii, ale samemu Bogu”, i że “walka idzie rzeczywiście na całego, nie dotyczy tylko Europy, lecz całej cywilizacji zachodniej, Ameryki, Kanady”. Podpowiem panu profesorowi, że walki toczą się też w Rosji i w Turcji (plik Real Player).

Edit: Zwieńczeniem sympozjum był ogólny panel dyskusyjny na temat: „Człowiek wobec kreacjonizmu”, w którym wzięli udział wszyscy uczestnicy. W tej części próbowano odpowiedzieć na pytania: czy artysta jest stwórcą, czy Bóg gra w kości (los), dlaczego kreacjonizm i jak do tego ma się personalizm. Owocem Sympozjum będzie książka, w której znajdą się wszystkie wystąpienia oraz wnioski jakie zostały wypracowane podczas spotkania (informacja ze strony CODN – Centralnego Ośrodka Doskonalenia Nauczycieli).

Brocha - dzięki za inspirację

Gra w polimerazę i nie tylko

Czasem w sieci można znaleźć gry mające coś wspólnego z biologią. Tutaj można pobawić się w polimerazę DNA, a na stronie Nobelprize.org przejrzeć więcej gier, z których każda związana jest z odkryciem uhonorowanym nagrodą Nobla (tu są gry związane z nagrodami z chemii, a tu gry związane z nagrodami z medycyny).

Zmiany programowe?

Dawno, dawno temu pewien wiceminister powiedział:”Podzielam opinię, że teoria ewolucji jest jednym z szeregu kłamstw, których uczy się w szkołach. Nie wszystkie jesteśmy w stanie usunąć z dnia na dzień. Korygujemy na bieżąco to, co jest do skorygowania w lekturach i w programach nauczania.“

Potem zapadła cisza i już nikt nie mówił o korektach programów szkolnych. I nadal nie mówi. Tylko, że jakiś czas temu pojawiła się koncepcja, że należałoby wprowadzić do szkół filozofię. Początkowo minister Giertych mówił o zastąpieniu filozofią jednej godziny religii/etyki, argumentując, że “chrześcijanin powinien mieć tę samą wiedzę na temat Arystotelesa czy Sofoklesa, co ateista o św. Tomaszu czy Janie Pawle II“.

Jednak Kościół nie chce tak po prostu oddać jednej godziny religii. Według “Dziennika” “godzi się na omawianie zagadnień filozoficznych w ramach katechezy pod warunkiem, że religia bądź etyka staną się przedmiotami obowiązkowymi“. Niewątpliwie na to czeka cała Polska od momentu wprowadzenia religii do szkół – że katecheza stanie się wreszcie obowiązkowa….

Inne rozwiązanie zaproponował Mirosław Handke (minister edukacji w rządzie Jerzego Buzka i obrońca tytułu magisterskiego innego polityka AWS, Andrzeja Anusza, któremu po sądownym udowodnieniu plagiatu pracy magisterskiej rektor usiłował odebrać ten tytuł). Mirosław Handke sugeruje, że “filozofia powinna pojawić się jako odrębny przedmiot. Jeżeli MEN zdecydowałoby się uprościć programy nauczania przedmiotów przeładowanych informacjami, np. biologii, na pewno udałoby się wygospodarować godzinę na naukę filozofii“. “Dziennik” twierdzi, że minister edukacji nie wyklucza takiego rozwiązania.

Mam dziwne przeczucie co do tego, jak może wyglądać to uproszczenie programu nauczania biologii.

Maria-Dora – dzięki za inspirację.

Genom makaka, czyli skąd się wzięła fenyloketonuria

W zeszłym tygodniu w Science opublikowano kilka prac (i plakat w pdf oraz w wersji interaktywnej) związanych z odczytaniem genomu rezusa Macaca mulatta. Rezusom zawdzięczamy już bardzo wiele. To u nich odkryto po raz pierwszy białko Rh, antygen występujący na komórkach krwi, którego niezgodność między kobietą a płodem może wywołać chorobę hemolityczną noworodków. Poza tym makaki są wykorzystywane w badaniach nad wirusami grypy (także “hiszpanki“) czy HIV (ostatnio udało się stworzyć szczepionkę, która – choć nie chroni małp przed infekcją – powstrzymuje rozwój choroby powodowanej przez rezusową wersję HIV), w neurobiologii i w wielu innych dziedzinach. Teraz naukowcy poznali sekwencję 21 par chromosomów rezusa – to trzeci po ludziach i szympansach przedstawiciel naczelnych, którego genom został zsekwencjonowany. Nasz przodek i przodek rezusów rozdzielili się ok. 25 mln lat temu. Do tej pory poznaliśmy genom naszego najbliższego krewnego – szympansa. Teraz porównując nasz i szympansi genom z genomem rezusa możemy się dowiedzieć, które zmiany pojawiły się tylko u ludzi, a które wyłącznie u szympansów. Porównanie sekwencji pokazuje, że kiedy porównuje się genomy nasz i rezusa litera po literze, to są w 93,5% identyczne, a kiedy weźmie się pod uwagę małe insercje i delecje, identyczność wynosi 90,7% (o tym, jak to wygląda przy porównaniu człowieka i szympansa pisałam tu).

O homeopatii

10 kwietnia był dzień homeopatii – czyli leczenia za pomocą substancji czynnych rozcieńczonych tak, ze w dawce leku nie ma już żadnej cząsteczki tej substancji. Jak kiedyś powiedział pewien mądry medyk, do zrobienia homeopatycznej aspiryny potrzebne jest wiadro, rower, rzeka z dwoma mostami i tabletka zwyklej aspiryny. Kto zgadnie, co dalej?

Co polscy lekarze mają do powiedzenia o tej metodzie, można poczytać tu (pdf). Metaanaliza wielu badań klinicznych opublikowana w czasopiśmie Lancet w 2005 roku kończy się tak: “te wyniki zgadzają sie z twierdzeniem, ze kliniczne działania homeopatii to efekt placebo“. Także badania przeprowadzone na 700 szczurach wykazały, że jeśli zastosuje się podwójną ślepą próbę, szczury nie reagują na leki homeopatyczne, natomiast reagują na konwencjonalne leki przeciwzapalne.

Co łączy alergie i choroby autoimmunologiczne?

Naukowców od dawna intryguje związek między chorobami autoimmunologicznymi a alergią. O tym, co może powodować, że występują coraz częściej, czyli o “hipotezie higieny“, już wspominałam. Różne zespoły badawcze próbują też wyjaśnić możliwe molekularne mechanizmy stojące za tym związkiem.

Manipulator albo fatalne zauroczenie

Toksoplazmoza to choroba wywoływana przez pierwotniaka Toxoplasma gondii. Toxoplasma gondii występuje u wielu gatunków ptaków i ssaków, ale żywicielem ostatecznym są kotowate, gdzie pasożyt rozmnaża się płciowo. Powstałe wówczas oocysty są wydalane z odchodami i zjadane przypadkowo przez inne zwierzęta, w tym gryzonie. Wtedy pasożyt tworzy cysty w różnych narządach, między innymi w układzie nerwowym. Cykl życiowy pasożyta zamyka się, gdy zakażone zwierzę (szczur lub mysz) zostanie zjedzone przez kota. Ludzie też mogą zarażać się toksoplazmozą (w zależności od kraju ocenia się, że infekcję przebyło 20-80% populacji), choć pasożyt nie przejdzie u nich rozwoju płciowego. Jeśli zakażenie T. gondii wystąpi podczas ciąży, może zostać przeniesione na płód przez łożysko. U 10 % zakażonych płodów występują różne zaburzenia, np. wodogłowie, małogłowie, opóźnienie rozwoju umysłowego, małopłytkowość, a jeśli zakażenie nastąpiło w pierwszym trymestrze, skutkiem może być obumarcie płodu lub poronienie. Ponadto u 1/3 noworodków mogą wystąpić objawy toksoplazmozy wrodzonej, obejmujące uszkodzenia układu nerwowego, kłopoty ze słuchem i z wzrokiem.

Filogenetyka zwierząt niezwykłych

W wielu miejscach na świecie widuje się tajemnicze małpoludy lub pozostawione przez nie ślady. W Ameryce Północnej żyje Wielka Stopa (Sasquatch), a w Tybecie yeti. Być może są to nieopisane dotychczas gatunki małp lub przedstawiciele któregoś z uznawanych powszechnie za wymarłe gatunków hominidów. Jednak przez długie lata ich taksonomia budziła wątpliwości. Na szczęście taksonomom przyszli z pomocą biolodzy molekularni.

W 1992 Peter Matthiessen i Thomas Laird wędrując po dolinie Sao Kohla w Himalajach odkryli niezwykłe ślady w śniegu. Ich miejscowi przewodnicy zidentyfikowali je jako ślady yeti. Ponadto ekipie udało się znaleźć kręcone włosy, które miejscowi również zidentyfikowali jako futro yeti. Międzynarodowy zespół naukowców przeprowadził analizę tych włosów. Zsekwencjonowali fragment genu kodującego mitochondrialne 12S rRNA (RNA rybosomalne) i porównali otrzymaną sekwencję z sekwencjami 12S rRNA dostępnymi w bazach danych. Wyniki okazały się zaskakujące.