Taniec tez ewoluuje…

…ale nie wszyscy tancerze ewoluuja w ten sam sposob…

Od czasu do czasu w czasopismach naukowych (np. tu) można przeczytać porady, jak zostać wielkim naukowcem. Jednak rzadko kiedy trafia się poważne badanie, które ostrzega, co negatywnie wpływa na karierę naukową. Przykładem może być ten artykuł:

Grim, T ( 2008 ) “A possible role of social activity to explain differences in publication output among ecologists”

Publication output is the standard by which scientific productivity is evaluated. Despite a plethora of papers on the issue of publication and citation biases, no study has so far considered a possible effect of social activities on publication output. One of the most frequent social activities in the world is drinking alcohol. In Europe, most alcohol is consumed as beer and, based on well known negative effects of alcohol consumption on cognitive performance, I predicted negative correlations between beer consumption and several measures of scientific performance. Using a survey from the Czech Republic, that has the highest per capita beer consumption rate in the world, I show that increasing per capita beer consumption is associated with lower numbers of papers, total citations, and citations per paper (a surrogate measure of paper quality). In addition I found the same predicted trends in comparison of two separate geographic areas within the Czech Republic that are also known to differ in beer consumption rates. These correlations are consistent with the possibility that leisure time social activities might influence the quality and quantity of scientific work and may be potential sources of publication and citation biases.”

Otóż to - więcej piwa = mniej publikacji…

…czyli reklama termocyklerów Bio-Radu.

Tekst:

There was a time when to amplify DNA,
You had to grow tons and tons of tiny cells.
Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,
Said you can amplify in vitro just as well.
Just mix your template with a buffer and some primers,
Nucleotides and polymerases, too.
Denaturing, annealing, and extending.
Well it’s amazing what heating and cooling and heating will do.
PCR, when you need to detect mutations.
PCR, when you need to recombine.
PCR, when you need to find out who the daddy is.
PCR, when you need to solve a crime.

To już było:

Teraz czekam, aż na youtube pojawią się te piosenki:

BEHE:
I wanted to be… a creationist!

Leaping from text to text, as they spew from the mighty presses of Northern America.
The USA Today. The Post. The Globe! The Wall Street Journal!
The lofty Houston Chronicle! The plucky little Tribune! The limping St. Louis Post-Dispatch.
The towering Washington Post! The Atlanta Journal-Constitution!
The naughty Long Island Newsday! The flatulent Arizona Republic!
The Seattle Post-Intelligencer! The Star-Ledger! The Plain Dealer!

With my best buddy by my side, we’d sing! Sing! Sing!

[singing]
I’m a creationist, and I’m okay.
I lie all night and I lie all day.

MOUNTIES:
He’s a creationist, and he’s okay.
He lies all night and he lies all day.

BEHE:
I cut down facts. I fudge my hunch.
I create my evo strawman.
On Sundays I go preachin’
And serve false choices for creos.

MOUNTIES:
He cuts down facts. He fudges his hunch.
He creates his evo strawman.
On Sundays he go preachin’
And serves false choices for creos.

He’s a creationist, and he’s okay.
He lies all night and he lies all day.

BEHE:
I cut down facts. I Gish and gallop.
I like to press wild fallacies.
I put on scientist’s clothing
And hang around in labs.

MOUNTIES:
He cuts down facts. He Gish and gallop.
He likes to press wild fallacies.
He puts on scientist’s clothing
And hangs around in labs?!

He’s a creationist, and he’s okay.
He lies all night and he lies all day.

BEHE:
I find out facts. I have high hopes,
proposals, and a grant.
I wish I’d been an academic,
Just like my dear Professor.

MOUNTIES:
He finds down facts. He has high hopes,
proposals, and a grant?!

[talking]
What’s this? Wants to be an academic?! Oh, My!
And I thought you were so gullible! Non-poofer!…

[singing]
He’s a creationist, and he’s okay.
He lies all night and he lies all day.

He’s a creationist, and he’s okaaaaay.
He lies all night and he lies all day.

autorstwa Torbjörna Larssona, śpiewane na tę melodię (znalezione u ERV) oraz

I am the very model of a c-design-proponentsist
The diametric opposite of all that is materialist
My engineering cert allows me call myself a scientist -
We won’t discuss those classes in Biology I might have missed

I work in a diploma mill I call a university
And there I struggle long and hard to teach the controversity
I welcome all opinions notwithstanding their diversity
I just reject the fact-based ones as atheist perversity

He just rejects the fact-based ones as atheist perversity
He just rejects the fact-based ones as atheist perversity
He just rejects the fact-based ones as goddam pervertersity

My publication record is quite pre-dispen-sensationalist
I regularly top the polls of books that are salvationist
Applause in the reviews keeps copies flying off the bookstore shelf
I couldn’t be more pleased if I had written the reviews myself

He couldn’t be more pleased if he had written the reviews himself
He wishes Amazon would keep his IP numbers to itself

When I go up for tenure I’ll submit my publication list
And if they ask for science then I’ll scream “Discriminationist!”
Religion has no place within the quest for natural knowledge
At least until I am the one who’s put in charge of college

I’m waiting for the day in court when Darwin meets his Waterloo
Though I might find that testifying isn’t what I ought to do
I know that what’s in Genesis is strictly and completely true
It’s just a shame it’s stuck in a six-thousand-year-long peer review

He knows that what’s in Genesis is strictly and completely true
He knows that what’s in Genesis is strictly and completely true
He wishes that the IRS would let him see his research through

I claim that Dover came about because the judge was activist
I dazzle congregations with my jargon that’s distractivist
I never answer awkward questions even if you do insist
I really am the model of a c-design-proponentsist

He never answers awkward questions even if you do insist
He really is the model of a c-design-proponentsist

autorstwa Amadana na tę melodię.

Biologiczne prezenty można znaleźć w wielu miejscach w sieci. O pocztówkach (i podkoszulkach) już pisałam. Nie należy też zapominać o wspomnianych wcześniej maskotkach bakterii (obok śliczna Escherichia coli, współpracownica wielu biologów molekularnych), pierwotniaków, grzybów czy komórek ludzkiego ciała.

Mikroby dostępne są jako wzory na krawaty, czapki z daszkiem, a nawet bokserki. Pytanie tylko, jak należy interpretować wręczenie komuś gatek np. w bakterie Neisseria gonorrhoeae (tak, te od rzeżączki) …

W Science pojawiła się kolejna ciekawa praca z serii “zagadki małych RNA”, tym razem o związkach sekwencji bogatych w AU (AURE) w 3′UTR (czyli “tylnym”, niekodującym już białka, końcu mRNA) z miRNA. Dotychczas sekwencje AURE znane były głównie z tego, że zawierające je mRNA mają bardzo krótki czas półtrwania w komórce, jednak pod wpływem różnorodnych czynników, np. stresu czy zapalenia, ulegają stabilizacji i zamiast żyć kilka minut, rozpadają się dopiero po kilku(nastu) godzinach. Poza tym elementy AURE mogą wpływać na tempo translacji zawierających je RNA. Poznano już całkiem sporo białek, które wiążą się z tymi sekwencjami i wpływają na stabilność oraz translację niosących je cząsteczek. Małe RNA natomiast biorą udział w wyciszaniu ekspresji genów w procesie interferencji RNA, choć wygląda na to, że nie jest to ich jedyna funkcja.

Tym razem Joan Steitz, niegdyś doktorantka Jima Watsona, zwana przez niektórych”królową RNA”, twierdzi, że miRNA wyciszają ekspresję w dzielących się komórkach, ale kiedy komórki są w stanie spoczynku, powodują podwyższenie poziomu ekspresji genów. W komórkach z zatrzymanym cyklem komórkowym na skutek głodzenia ich przez usunięcie surowicy z pożywki wzrasta translacja TNF-α. Już wcześniej jej zespół wypuścił publikację, z której wynika, że w takiej sytuacji AURE w mRNA TNF-α wiąże się z białkami Argonautą 2 i FXR-1, których związek z miRNA zaobserwowano już wcześniej, i że te białka działają wtedy jako aktywatory translacji. Tym razem zespół Steitz stwierdził, że wiązaniem tych białek z AURE steruje miRNA zwane miR369-3. Poza tym inne dobrze znane miRNA - Let-7 i syntetyczne miRNA cxcr4 - również stymulują translację docelowych mRNA. Ale tylko wtedy, kiedy komórki się nie dzielą. W dzielących się komórkach hamują translację, czyli wyciszają ekspresję genów tak, jak to nieraz zaobserwowano już wcześniej.

Jeśli te wyniki się potwierdzą, oznacza to, że te same miRNA w różnych sytuacjach mogą wywierać odwrotny wpływ na swoje docelowe geny, a zatem regulacja ekspresji genów przez miRNA jest bardziej skomplikowana, niż wydawało się na pierwszy rzut oka. Wiele badań nad miRNA prowadzono na dzielących się komórkach, czy to liniach, czy na różnych etapach rozwoju. Jeśli okaże się, że ich główną funkcją w komórkach spoczynkowych jest aktywacja ekspresji, to naprawdę duże odkrycie. W końcu w naszym ciele jest całkiem sporo komórek, które w ciągu naszego życia dzielą się dość rzadko.

Pisałam już o drzewie życia, czyli drzewie genealogicznym gatunków. Gdyby ktoś chciał obejrzeć drzewo życia (wg publikacji Ciccarelli et al 2006) w wersji interaktywnej, lub narysować własne, to zapraszam tu. Po kliknięciu na nazwę gatunkową pojawia się krótka informacja wraz ze zdjęciem przedstawiciela. Czy w przypadku Homo sapiens to typowy przedstawiciel naszego gatunku, zdecydujcie sami.

Znowu muzyka dla medyków. Dziś specjalnie dla Państwa Amateur Transplants czyli Adam Kay i Suman Biswas:

Hymn anestezjologów:

Nieostrożny chirurg:

Leki:

Paracetamoksyfrusebendroneomycyna:

Badania prenatalne:

Z ich piosenek można się też dowiedzieć, jak wyglądają różne spotkania z NHS - państwową służbą zdrowia w UK.

Amateur Transplants śpiewają zresztą nie tylko o medycynie - zdarzają im się kawałki o londyńskim metrze, o filmach Disneya, czy o… hmmm… dziecięcych problemach.

W Europie i Ameryce, a nawet chyba w Afryce, można się czasem natknąć na opowieści o rogatych zającach (jackalope). Pierwsze znane ilustracje przedstawiające takie stworzenia pochodzą z XVII w. Rogate zające doczekały się nawet łacińskiej nazwy Lepus cornutus. Wtedy najczęściej sądzono, że to krzyżówka zająca z antylopą. Czy to kolejne opowieści o nieistniejącym w rzeczywistości zwierzęciu?

Niekoniecznie. Zające, podobnie jak inne zwierzęta, chorują. Czasem mają też nowotwory, które są widoczne w postaci dziwnych narośli. Badania prowadzone w latach trzydziestych przez dr Shope wykazały, że materiał izolowany z tych narośli może wywołać ich rozrost u zdrowych zajęcy. Dalsze badania wykazały, że za rozwój tego nowotworu odpowiedzialny jest wirus CRPV należący do Papillomawirusów, podobnie, jak wirus brodawczka ludzkiego HPV wywołujący raka szyjki macicy. Ponieważ HPV i CRPV są blisko spokrewnione, w badaniach nad HPV stosuje się czasem model wykorzystujący zające i CRPV. Badania nad HPV doprowadziły niedawno do powstania szczepionki, o której już wcześniej wspominałam. Dodatkowe informacje o rogatych zającach można znaleźć tu (a zestaw zdjęć tu).

Jednak nie tylko zające na skutek kontaktu z wirusami mogą zacząć wyglądać jak stworzenia z bajek. Niedawno w prasie pojawiła się informacja o indonezyjskim człowieku-drzewo. Rybak o imieniu Dede kilkanaście lat temu zaciął się nożem. Wkrótce na jego skórze pojawiły się brodawki. Po kilku latach rozrosły się tak bardzo, że uniemożliwiają mu normalne życie. Dede wygląda jak pokryty korą, z której wyrastają gałęzie. Dr Anthony Gaspari z University of Maryland Medical Center w Baltimore zbadał brodawki i stwierdził, że zawierają one materiał genetyczny wirusa HPV. Jednak zwykle wirus nie powoduje powstawania aż tak olbrzymich narośli. Prasa podaje, że Dede ma bardzo niewiele białych krwinek, więc być może cierpi na jakąś chorobę (genetyczną?) upośledzającą funkcjonowanie układu odpornościowego. Być może jest to odmiana dysplazji Lewandowskiego-Lutza, choroby, którą wirus HPV wywołuje u ludzi mających specyficzny wariant jednego z dwóch genów EVER1 lub EVER2 (funkcja tych genów nie jest jeszcze znana). Niekontrolowany rozrost brodawek wywołanych przez HPV obserwuje się też u osób z niedoborami odporności oraz biorących leki immunosupresyjne. Prasa podaje, że dr Gaspari ma nadzieję pomóc Dedemu stosując kurację witaminą A. Prawdopodobnie chodzi o kwas retinolowy (inaczej tretynoina lub ATRA), który hamuje transkrypcję genów wirusa, lub inne retinoidy o podobnym działaniu. W przypadku niektórych typów brodawek związanych z HPV zastosowanie retinoidów zarówno domiejscowo, jak i doustnie, przynosi efekty, także u pacjentów z osłabionym układem odpornościowym. Niektóre badania sugerują także, że retinoidy wykazują pewną skuteczność w walce ze związanymi z HPV nowotworami (choć jest też trochę badań, z których wynika, że nie działają na raka). Może więc i Dede pozbędzie się swojej “kory”.

Dede nie jest jedynym takim przypadkiem. W sieci można znaleźć historię mężczyzny z Rumunii, którego spotkało podobne nieszczęście, a także wzmianki o pacjentach z Chin. Dwóch z nich opisano w tym artykule, i stwierdzono, że byli zakażeni wirusem HPV-2, który ma kilka nieopisanych wcześniej mutacji. We wszystkich przypadkach, żeby pozbyć się narośli, stosowano interwencję chirurgiczną.