Teoria, która nie może się przebić do naukowego mainstreamu

Taniec tez ewoluuje

Taniec tez ewoluuje…

 

…ale nie wszyscy tancerze ewoluuja w ten sam sposob…

 

Jak zostać wielkim naukowcem?

Od czasu do czasu w czasopismach naukowych (np. tu) można przeczytać porady, jak zostać wielkim naukowcem. Jednak rzadko kiedy trafia się poważne badanie, które ostrzega, co negatywnie wpływa na karierę naukową. Przykładem może być ten artykuł:

Grim, T ( 2008 ) “A possible role of social activity to explain differences in publication output among ecologists”

Publication output is the standard by which scientific productivity is evaluated. Despite a plethora of papers on the issue of publication and citation biases, no study has so far considered a possible effect of social activities on publication output. One of the most frequent social activities in the world is drinking alcohol. In Europe, most alcohol is consumed as beer and, based on well known negative effects of alcohol consumption on cognitive performance, I predicted negative correlations between beer consumption and several measures of scientific performance. Using a survey from the Czech Republic, that has the highest per capita beer consumption rate in the world, I show that increasing per capita beer consumption is associated with lower numbers of papers, total citations, and citations per paper (a surrogate measure of paper quality). In addition I found the same predicted trends in comparison of two separate geographic areas within the Czech Republic that are also known to differ in beer consumption rates. These correlations are consistent with the possibility that leisure time social activities might influence the quality and quantity of scientific work and may be potential sources of publication and citation biases.”

Otóż to - więcej piwa = mniej publikacji…

Scientists for better PCR

…czyli reklama termocyklerów Bio-Radu.

Piosenki

To już było:

Teraz czekam, aż na youtube pojawią się te piosenki:

Mikołajki

Biologiczne prezenty można znaleźć w wielu miejscach w sieci. O pocztówkach (i podkoszulkach) już pisałam. Nie należy też zapominać o wspomnianych wcześniej maskotkach bakterii (obok śliczna Escherichia coli, współpracownica wielu biologów molekularnych), pierwotniaków, grzybów czy komórek ludzkiego ciała.

 

Mikroby dostępne są jako wzory na krawaty, czapki z daszkiem, a nawet bokserki. Pytanie tylko, jak należy interpretować wręczenie komuś gatek np. w bakterie Neisseria gonorrhoeae (tak, te od rzeżączki) …

Małe RNA, AURE i translacja

W Science pojawiła się kolejna ciekawa praca z serii “zagadki małych RNA”, tym razem o związkach sekwencji bogatych w AU (AURE) w 3′UTR (czyli “tylnym”, niekodującym już białka, końcu mRNA) z miRNA. Dotychczas sekwencje AURE znane były głównie z tego, że zawierające je mRNA mają bardzo krótki czas półtrwania w komórce, jednak pod wpływem różnorodnych czynników, np. stresu czy zapalenia, ulegają stabilizacji i zamiast żyć kilka minut, rozpadają się dopiero po kilku(nastu) godzinach. Poza tym elementy AURE mogą wpływać na tempo translacji zawierających je RNA. Poznano już całkiem sporo białek, które wiążą się z tymi sekwencjami i wpływają na stabilność oraz translację niosących je cząsteczek. Małe RNA natomiast biorą udział w wyciszaniu ekspresji genów w procesie interferencji RNA, choć wygląda na to, że nie jest to ich jedyna funkcja.

Drzewo życia jeszcze raz

Pisałam już o drzewie życia, czyli drzewie genealogicznym gatunków. Gdyby ktoś chciał obejrzeć drzewo życia (wg publikacji Ciccarelli et al 2006) w wersji interaktywnej, lub narysować własne, to zapraszam tu. Po kliknięciu na nazwę gatunkową pojawia się krótka informacja wraz ze zdjęciem przedstawiciela. Czy w przypadku Homo sapiens to typowy przedstawiciel naszego gatunku, zdecydujcie sami.

Muzyka dla medyka

Znowu muzyka dla medyków. Dziś specjalnie dla Państwa Amateur Transplants czyli Adam Kay i Suman Biswas:

Hymn anestezjologów:

Nieostrożny chirurg:

Rogate zające, człowiek-drzewo i HPV

W Europie i Ameryce, a nawet chyba w Afryce, można się czasem natknąć na opowieści o rogatych zającach (jackalope). Pierwsze znane ilustracje przedstawiające takie stworzenia pochodzą z XVII w. Rogate zające doczekały się nawet łacińskiej nazwy Lepus cornutus. Wtedy najczęściej sądzono, że to krzyżówka zająca z antylopą. Czy to kolejne opowieści o nieistniejącym w rzeczywistości zwierzęciu?

Kod Rybosomu?

Wspominałam już o tym, że w historii linii ewolucyjnej drożdży S. cerevisiae nastąpiła duplikacja całego genomu ich przodka. Wydarzyło się to około 100 milionów lat temu. W toku ewolucji 90% zduplikowanych genów uległo unieczynnieniu w wyniku mutacji, ale nie wszystkie. Niektóre kopie nadal działają. Teraz naukowcy zajęli się losami genów kodujących białka rybosomalne. Spośród 78 takich genów aż 59 zachowało obie powstałe w wyniku duplikacji kopie. Poprzednie próby zbadania (na przykładzie białka L16), czy dwa warianty tych genów różnią się funkcją, doprowadziły do stwierdzenia, że raczej nie - jedna kopia może zastąpić drugą, jeśli tylko jej ekspresja jest na podobnym poziomie. Jednak kilka lat później naukowcy z innego zespołu zaobserwowali, że usunięcie jednej z kopii genów kodujących niektóre białka rybosomalne (oraz związane ze składaniem rybosomów) może w niektórych przypadkach wpłynąć na położenie uwypuklenia rozpoczynającego pączkowanie nowej komórki.

Blee… bezoar

Czytaliście Harry’ego Pottera? Pamiętacie bezoar - magiczne lekarstwo na wszystkie trucizny, czyli kamień znajdowany w żołądkach kóz? Bezoary istnieją naprawdę - najczęściej powstają w żołądkach przeżuwaczy z resztek pokarmu i włosów. Ale nie tylko - czasem pojawiają się też u ludzi.

NEJM opisuje przypadek 18-latki, która zgłosiła się do szpitala narzekając na spadek wagi, bóle brzucha, itp. Okazało się, że od wielu lat jadła włosy, i w jej żołądku powstał bezoar. Nie dało się go usunąć laparoskopowo, bo był za duży. Potrzebna była zwykła operacja. Bezoar ważył 4,5 kg. Po jego usunięciu i terapii pacjentce przeszły kłopoty żołądkowe, przybrała też na wadze. Przestała także jeść włosy.

Więcej informacji o bezoarach wraz ze zdjęciami można znaleźć tu. Wspomniany jest także syndrom Rapunzel - nazwa pochodzi od długowłosej bohaterki baśni braci Grimm i opisuje bezoary, które zajmują nie tylko żołądek, ale ciągną się aż do jelit.

Inspiracja: Scienceroll

Różnicowy splicing międzygatunkowy

W Genes and Development ukazała się właśnie kolejna praca z cyklu “różnice między ludźmi a szympansami”. Autorzy zajęli się różnicami w splicingu - czyli usuwaniu niekodujących części mRNA. Już kiedyś opisywałam powstanie u ludzi wariantu neuropsyny, którego nie mają nawet szympansy. Ten nowy wariant powstał właśnie dzięki temu, że mutacje umożliwiły alternatywny splicing. Wiadomo, że u myszy i człowieka konserwowane jest mniej niż 20% przypadków splicingu alternatywnego. Jednak nikt nie sprawdził, jak często zdarzają się różnice w splicingu między ludźmi a szympansami. Cytowana praca to próba takiego porównania na dużą skalę.

Naukowcy stwierdzili, że choć w większości zbadanych genów alternatywny splicing u obu gatunków wygląda podobnie, to 6-8% alternatywnych egzonów jest wykorzystywanych inaczej u ludzi, a inaczej u szympansów. Przykładem może być gen GSTO2, gdzie u ludzi produkowana jest większa ilość transkryptu omijającego egzon 4. Białko kodowane przez ten gen - transferaza glutationowa - bierze udział w przekształcaniu różnych ksenobiotyków (obcych dla organizmu związków), np. leków czy substancji o działaniu rakotwórczym, i chroni przed stresem oksydacyjnym. Białko powstające na matrycy wersji transkryptu, która w większej ilości występuje u szympansów, jest mniej stabilne od wersji pozbawionej egoznu 4. Zatem wybór takiej wersji może być jedną z przyczyn, dla których w komórkach ludzkich tego białka jest mniej, niż u szympansów. Ponieważ ostatnio pojawiły się dane, które sugerują, że może istnieć związek między niektórymi wariantami GSTO2 a momentem wystąpienia rodzinnej choroby Alzheimera i Parkinsona, być może okaże się, że ma na to wpływ także wykorzystanie alterantywnego splicingu tego genu.

Trudne życie naukowca

(ale trzeba przyznać, że 6 artykułów po doktoracie i trzech postdocach to nie jest dużo)

Psychofarmakolog